2012. június 30-án  visszavonták az Észak-dunántúli Vízügyi Igazgatóság vezetőjének, Janák Emilnek a megbízatását. Pintér Sándor „a közmunkaprogramban elkövetett hibákkal” indokolta lépését. Az egyik országos napilap szerint a vízügyi vezetőnek azért kellett távoznia, mert szakmai alapon kritizálta a vízügyi rendszer átszervezését.

Janák Emil 1999-ben Jakus Györgyöt váltotta – a tevékenységében legtöbb vitát kiváltó vízügyi igazgatóság – az Észak-dunántúli Vízügyi Igazgatóság igazgatói posztján. A Duna elterelése utáni eseményeket nyomon követők emlékezhetnek, hogy az előző igazgató távozásának indoka az volt, hogy tevékenyen részt vett a Nemcsók János nevével fémjelzett magyar-szlovák vízlépcsőtárgyalásokon, ahol a Nemcsókék 2 duzzasztó építését ajánlották fel Szlovákiának (erről, illetve a magyar-szlovák tárgyalásokról olvashatunk az alábbi linken: http://www.dunacharta.hu/cikk.php?ssz=30.).  Jakus Györgyöt a Horn kormány bukását követően váltották le, ezután lett az ÉDUVIZIG igazgatója Janák Emil.
Janák Emil tevékenységét a Duna Charta, és más, a Duna védelmével foglakozó szervezetek is többször bírálták. Amellett, hogy igazgatósága alatt több, környezetvédelmi szempontból megkérdőjelezhető beruházás történt a vízügyi igazgatóság területén (táti elkerülő út, Gönyű közelében védett egy sziget elkotrása, Pándzsa patak rehabilitációja), a környezetvédő szervezetek legnagyobb  kritikával a vízügyi igazgatóságnak a Dunával és a Mosoni-Dunával kapcsolatos álláspontját és tevékenységét illették. A vízügyi igazgatóság támogatta a szigetközi Duna-szakasz több helyen történő megduzzasztásának tervét, valamint a Mosoni Duna torkolatának áthelyezését. Mindezeket a terveket belehelyezték a területi vízgazdálkodási tervezetbe is, ami véleményünk szerint szögesen ellentétben áll az uniós  Víz Keretirányelvvel.  A Víz Keretirányelv a folyók szabályozottságának csökkentését ajánlja, amit konkrétan meg is  fogalmaz,  idézve: „Nagy folyók esetében a szabályozottság csökkentése inkább az jelenti, hogy nem építünk újabb partvédő műveket és keresztirányú műveket…” Azaz a vízügyi igazgatóság által javasolt megoldások, hogy a szigetközi Duna-szakaszra betonművel, árvízkapuval és hajózsilippel kombinált fenékküszöböket, magyarán gátakat építsenek, egyértelműen ellentétes volt a Víz Keretirányelv iránymutatásával. Hasonlóképp, a Mosoni-Duna torkolatáthelyezési terve egyenesen értelmezhetetlen a Víz Keretirányelv elveivel.
A Szigetköz területére vonatkozó vízgazdálkodási tervezet – amelynek egyik összeállítója az EDUVIZIG volt – a több, kidolgozott rehabilitációs terv közül önkényesen emelte ki a szigetközi Duna-szakasz duzzasztásos vízpótlását, elhallgatva annak hátrányos oldalait, és érdemben nem taglalva a többi alternatívát.  A vízgazdálkodási tervezetek társadalmi vitája után (lásd pl.:  http://www.dunacharta.hu/cikk.php?ssz=92, http://www.dunacharta.hu/cikk.php?ssz=93, http://www.dunacharta.hu/cikk.php?ssz=94, http://www.dunacharta.hu/cikk.php?ssz=95, vagy: www.vizeink.hu ) a Janák Emil által a legjobbnak minősített szigetközi vízgazdálkodási tervezetet visszavonták, később az ott javasolt beruházásokat illetve azok tervezését leállították.
Azt, hogy ezek a javaslatok bekerültek a szigetközi vízgazdálkodási tervezetbe, nem lehet egyszerű szakmai véleménykülönbségnek nevezni. Az, ami a Szigetköz vízgazdálkodási tervezetben a Duna és a mellékágrendszer rehabilitációjával kapcsolatban olvashatóak, azok halmozottan ellentétesek voltak a Víz Keretirányelv szellemiségével, iránymutatásaival. Végeredményben egy több évtizedes terv, a Bős-Nagymarosi Erőműrendszer felső szakaszára tervezett eredeti műtárgyak megvalósítását terjesztették be a Víz Keretirányelvbe csomagolva.
A Duna Charta sajtónyilatkozatban tiltakozott az ÉDUVIZIG, illetve az igazgatója ezirányú tevékenysége miatt:  http://www.dunacharta.hu/cikk.php?ssz=19
Amellett, hogy a Janák Emil vezette ÉDUVIZIG által beterjesztett tervek egy része szögesen ellentétes volt a Víz Keretirányelvvel, az akkor folyó magyar-szlovák vízlépcsőtárgyalásokon a magyar fél esélyeit is nagymértékben rontották, ronthatták, hisz a magyar-szlovák tárgyalásoktól függetlenül, azt megelőzve akartak egy műszaki javaslatot – tegyük hozzá, a körvonalakban a szlovák fél javaslatával nagymértékben megegyező javaslatot – elfogadtatni.
 
Ugyancsak erős kritika érte Janák Emilt amiatt, hogy a dunakiliti duzzasztómű beüzemelését több alkalommal nyilvánosan szorgalmazta. A Dunakilitinél megépült duzzasztó üzembe helyezését egy 1992-es országgyűlési határozat tiltja. Nyilvánvaló nem egy közhivatalnok feladata, hogy egy országgyűlési határozat által tiltott műszaki létesítmény beüzemelését szorgalmazza nyilvánosan, különösen akkor nem, amikor folytak a magyar-szlovák vízlépcsőtárgyalások, ahol a szlovák fél egyik célja épp az volt, hogy Magyarország beüzemelje a dunakiliti duzzasztót.

A Duna Chartának régóta az az álláspontja, hogy a vízügyi ágazatban olyan szemléletű vezetőkre van szükség, akik a felmerülő problémákat nem duzzasztók építésével akarják „megoldani”, hanem a folyók rehabilitációjával azok hosszútávon fenntartható használatát segítik elő. Reméljük, hogy Janák Emil utóda olyan szakember lesz, aki nem a múlt század közepének technokrata szemléletét képviseli, és aki nem a bős-nagymarosi erőműrendszer felépítését szorgalmazza.